生理初日の判断について、教えてください

卵管閉塞で自然妊娠が不可能のため体外受精をします。
生理１日目から排卵を止める点鼻薬を３日目から排卵誘発剤の注射を打たなければなりません。

基礎体温は今までつけておらず、先々月くらいから不妊専門の病院に通うようになり計るようになりました。旦那の１週間交代の夜勤、日勤にあわせた生活をしているため起きる時間は週によって違います。睡眠時間も日勤のときの方が短いです。深酒をした日は低温気のときでも高いですし、高温期でも睡眠時間が短いと低いです。まだ３ヶ月分のデータしかないですが、表にすると一応、きちんと２層になっています。検査結果も卵管閉塞以外問題はないといわれまいた。


生理はここ数年、2〜3日ナプキンもいらないぐらいの茶オリが続き鮮明な生理が来るので、不妊専門のカウンセリングの先生にいつが生理初日になるのか確認したら、基礎体温が下がり少しでも出血があればそれが初日と言われました。
今週、木曜日に基礎体温が下がり少量の茶オリがあったので初日と判断して点鼻薬を始めました。土曜日が3日目にあたるので排卵誘発剤の注射を打ちにいったのですが、金曜日までは少量ですが茶オリがあったのに土曜日の段階では全くといってないのです。一応、注射を打ってくれる看護師さんには言ったのですが、大丈夫ですよと注射は打たれました。（通ってる病院は総合病院で、土曜は休館日にあたるので救急外来での対応でした）

先ほどトイレに行きましたがやはり少量の出血もないのです。今までも1日目少し茶オリがあり、2日目、全く無しで3日通常の生理ていうのはありましたが。

今回の場合、生理初日は木曜日としてよかったのでしょうか？それともまだ来てないとの事でしょうか？
過去数年の生理周期だと27日から31日なので木曜日からでも日・月曜日からでもおかしくないです。でも木曜日から基礎体温は低い状態です。
茶オリが少しでもあればそんなに気にすることはないと思いますが、皆さんの生理初日はいつを基準にしてますか？